در آخرين جمعه اسفند 1373/ 17 مارس 1994 يك هواپيماي هرکولس130 ايراني كه حامل 32 سرنشين شامل 13 خدمه و 19 مسافر(17 زن و کودک از خانواده‏هاي ديپلماتها و وابستگي نظامي ایران در روسیه و 2 دانشجوي ایرانی مقیم مسکو) از مسكو عازم تهران بود، در آسمان قره‌باغ مورد اصابت موشك اوسا (زنبور) قرار گرفت و سرنگون شد. تمامي سرنشينان هواپيما كشته شدند. بلافاصله هيئت تحقيق ايراني به سرپرستي امينيان مديركل حقوقي وزارت خارجه، براي بررسي مسئله عازم منطقه شد. مقامات روسي يك روز بعد از سقوط هواپيما اعلام كردند كه طبق نظر كارشناسان نظامي، هواپيماي ايراني مشغول جاسوسي بوده است.
هيئت ايراني پس از تحقيقات به ايران بازگشت و 7 فروردين 1374/ 27 مارس 1994 وزارت خارجة ايران با انتشار بيانيه‏اي، علت سقوط هواپيما را انحراف الزامي از مسير پروازي، عدم كمك و راهنمايي ناوبري برجهاي كنترل منطقه و اصابت موشك نيروهاي ارمني در قره‌باغ اعلام كرد.
يكي از بازديدكنندگان هواپيما كه به تهران آمده بود، در مورد علت انحراف هواپيما از دالان اصلي گفت: «به علت تغيير فشارشديد ناگهاني و شكسته شدن پنجره‏ها خلبان مجبور بوده است براي كم كردن فشار داخل هواپيما آن را به سوي نقاط كم ارتفاع منحرف كند.» راديو باكو گفت كه آذربايجان از پرواز اين هواپيما از مسكو به تهران بي‏اطلاع بوده است. يك مسئول هواپيمايي آذربايجان گفت: مسئولان فرودگاه مسكو بايد مسير حركت اين هواپيما را مسكو، هشترخان، باكو، درياي خزر، رشت و تهران تنظيم مي‏كردند در حالي كه مسير حركت هواپيماي ايراني كاملاً پيچيده و مشكوك تنظيم شده است. دولت ارمنستان نيز پس از سانحه، در يك بيانيه تأكيد كرد كه هواپيما در زمان سقوط 100 كيلومتر از مسير اصلي خود منحرف شده بود و همچنين نقص فني داشته است. كارشناسان نظامي روسيه نيز گفتند كه قطع ناگهاني تماس هواپيما با برج مراقبت و كشف قطعاتي از آن در روي زمين، بيانگر منفجر شدن آن در هواست.
اين ابهام نيز وجود دارد كه چرا برج مراقبت آذربايجان هشدار لازم را به خلبان ايراني در مورد خطر ناشي از انحراف مسير نداده است. در نوار مخابرة راديويي كه وزارت امنيت ملي آذربايجان آن را به مقامهاي ايراني تحويل داده‏اند جملة «ما همين حالا هواپيماي نظامي آذربايجان را سرنگون كرديم» جلب توجه مي‏كند. مقامات ارمنستان نيز با اظهارنظرهاي خلاف واقع و ضد و نقيض خود نشان داده‏اند كه ايروان دراين ماجرا بي‏تقصير نبوده است. ماجرا از اين قرار بوده كه در اوايل مارس سه استاد مهندس نظامي شهر مينسك (روسيه سفيد) با درجة تخصص عالي در تعمير و راه‏اندازي ضدهواييهاي اس 75 و اس 125 ظاهراً به عنوان مرخصي وارد ايروان شدند. مأموريت اصلي آنها راه‏اندازي سيستم ضدهوايي مدرن براي ارمنيان قره‏باغ بود. پس از سقوط هواپيماي ايراني، روزنامة ايزوستيا چاپ مسكو پرده از اين موضوع محرمانه برداشت و چون روسيه سفيد براي گسترش روابط با ايران مي‏كوشيد، مقامات مينسك کميتة تحقيقاتي در وزارت دفاع خود تشكيل دادند. پس از احراز مسئوليت مهندسان روسيه سفيد در اين ماجرا، آنان از ارتش اخراج شدند.
دربارة علت سقوط این هواپیما نظرات مختلفی ارائه شده است از جمله علی اکبر ولایتی وزیر خارجة وقت ایران، چنین می گوید:‏ «در رابطه با آذربايجان و ارمنستان نيز نظير همين مسئله اتفاق مي‌افتاد؛ يعني به محض آنكه تلاش‌هاي ما براي اصلاح رابطه اين دو كشور و برقراري صلح در آستانه به نتيجه رسيدن بود، يك كشور چهارم دخالت مي‌كرد و برقراري صلح را با مشكل روبه‌رو مي‌كرد و اين اقدامات تا ساقط كردن هواپيماي ترابري ما در قره‌باغ پيش رفت، چراكه قصد آنها به شكست كشاندن فعاليتهاي ديپلماتيك ما در منطقه بود.»
آنچه که بیشتر در این ماجرا نمود می یابد، احتمال وجود برخی اختلافات میان گروههای ارمنی و ایران می باشد. اطمینان از وجود پیروزیهای بزرگ و همچنین زمینه سازی برای یکه تازی روسیه در مسئلة قره باغ و عقب راندن حریفان موجب سقوط هواپیمای ایرانی شده است. این اقدام در واقع به منزلة اخطری برای طرفهای دیگر نیز بود. بهرحال این اقدام نتایج خود را بسرعت نشان داد. روز 20 آوريل/ 31 فروردين كرولاين كوكس سخنگوي مجلس اعيان بريتانيا وارد قره‌باغ شد. همراه وي پزشكان، خادمان ديني، نمايندگان بنگاههاي خيريه و خبرنگاران نيز حضور داشتند. او به درخواست كليساي قره‌باغ 3 هزار جلد انجيل با خود آورده بود. همانروز هري گيلمور سفير آمريكا در ارمنستان گفت:
«ناتو هيچ برنامه‏اي را براي اجراي سياست متحد دربارة قفقاز ندارد و به همين دليل هم آمريكا نمي‏تواند تركيه را مجبور كند كه ممنوعيت ارسال كمكهاي انسان دوستانه به ارمنستان را لغو كند. هرچند كه حكومت آمريكا آرزويش مبني بر لغو ممنوعيتها را اطلاع داده است.»
گيلمور ضمن مخالفت با اينكه مسئلة قره‌باغ صحنة رقابت آمريكا و روسيه است؛ با اين مسئله نيز مخالف بود كه براي برقراري آتش‏بس نيز به وجود نيروهاي خارجي است. به عقيدة او مي‏توان سرنوشت قره‌باغ را پس از آتش‏بس تعيين نمود. او گفت : «لازم است كه نيروهاي صلح دوست از نيروهايي كه مجبور به صلح شده‏اند متمايز شوند.» در اجلاسيه روز 22 آوريل / 2 ارديبهشت پارلمان آذربايجان، رسول قليف رئيس پارلمان اطلاع داد كه روز 25 آوريل هيئتي متشكل از او و چند نماينده به مسكو سفر خواهد كرد. مسئلة اصلي مورد مذاكره «مناقشة نظامي و تدابير براي پايان دادن به آن» است.
نیات روسیه و همچنین خرسندی آن کشور از ماجرای سقوط هواپیمای ایرانی را می توان از لابلای بیانات مقامات روسیه و همچنین مقاله روزنامه ديلي كامرسانت دریافت نمود. روزنامة ديلي كامرسانت 27 آوريل 1994 در مقالة‏ «مسكو منتظر است كه باكو كه (آ) را گفته (ب) را هم بگويد» نوشت:
« … كوششها به زودي نتيجه بخشيد. هيچ يك از دولتهاي خارجي نمي‏خواهد در كارهاي بحران قفقاز را كه علايق استراتژيك روسيه را به همراه دارد، مداخله نمايد. ولي رسول قليف با گفتن اينكه «نمي توان به كم شدن نقش روسيه در بحران امكان داد» (آ) را گفت. پس لازم است كه (ب) هم گفته شود. اين (ب) چگونه است؟ اين مسئله را دير زماني است كه مسكو به حيدرعليف و او زمزمه مي‏كند. صحبت از افزايش دخالت نيات صلح دوستانة روسيه در بحران است..»